Prazákladem současného pracoviště byla Katedra vnitropodnikové mechanizace a elektrizace, která byla 1. července 1965 zřízena vyčleněním z tehdejší jediné katedry nově založeného mechanizačního oboru – Katedry zemědělské techniky. Organizačně byla součástí Provozně ekonomické fakulty Vysoké školy zemědělské v Brně. Jejím vedoucím byl při vzniku katedry ustanoven prof. Ing. et Ing. Zdeněk Šteffl, DrSc. V pedagogické a vědeckovýzkumné činnosti byla katedra orientována na problematiku mechanizace živočišné produkce, elektrizace a automatizace zemědělských výrobních procesů a na problematiku zemědělských staveb.

K 1. dubnu 1976 byl v rámci rozsáhlé restrukturalizace kateder (vznikla samostatná katedra opravárenství a zemědělských staveb) z katedry vyčleněn úsek zemědělských staveb. Novým vedoucím katedry byl jmenován prof. Ing. Cyril Kejík, DrSc., který v této funkci působil až do 31. března 1990. V průběhu tohoto období zajišťovala katedra tři tematické okruhy pedagogické činnosti – stroje v živočišné výrobě a jejich využití, stroje pro krmivářský a potravinářský průmysl, elektrotechniku a automatizaci v zemědělských provozech. Tuto výuku zabezpečovala nejen na mechanizačním oboru, ale i na oboru provozně ekonomickém a zootechnickém. Ve vědeckovýzkumné oblasti byla činnost katedry zaměřena na zkoumání a optimalizaci skladeb a provozně technických parametrů krmných systémů pro skot a prasata, možnosti automatizace jejich provozu a na studium zdokonalování činnosti dojicí a chladicí techniky včetně návrhů na procesní řízení strojního dojení dojnic s vysokou užitkovostí.

V roce 1988 byl ke katedře opět přičleněn úsek zemědělských staveb a změněn její název na Katedru techniky živočišné výroby a zemědělských staveb. V období od 1. dubna 1990 do 30. června 1993 byl vedením katedry pověřen doc. Ing. Svatopluk Prudil, CSc.

K 1. červenci 1993 došlo při transformaci studijního oboru Mechanizace zemědělství do podoby studijního oboru Provoz techniky ke sloučení Ústavu elektrotechniky, automatizace a robotiky a Ústavu techniky živočišné výroby a zemědělských staveb a vznikl Ústav techniky zpracování zemědělských produktů. Jeho vedením byl pověřen doc. Ing. Jan Mareček, CSc.

Od 1. října 1994 byl Ústav techniky zpracování zemědělských produktů, společně s dalšími ústavy oboru Provoz techniky v rámci transformace oboru, převeden z Provozně ekonomické fakulty na Agronomickou fakultu Mendelovy zemědělské a lesnické univerzity v Brně.

Dalšími transformacemi a vznikem nových oborů, stejně tak vyčleňováním a slučováním ústavů nebo jejich částí na přelomu tisíciletí, vznikl pod vedením prof. Ing. Jana Marečka, DrSc. nově Ústav zemědělské, potravinářské a environmentální techniky do současné podoby a struktury.